A pelagem correta para o Pastor Alemão é a dupla (Stockhaar) com pêlo e subpêlo. O pêlo deve ser o mais denso possível, reto, áspero e bem assente ao corpo. Na cabeça, na face interna das orelhas, na face anterior dos membros, nas patas e dedos, o pêlo é curto; é um pouco mais longo e denso no pescoço. Na face posterior dos membros, o pêlo é mais longo, alonga-se até o nível do carpo e do jarrete, formando, na face posterior das coxas, culotes, de tamanho moderado.

Pêlo Longo:
- Pelagem externa (longa, macia, não assentada com o subpêlo; tufos nas orelhas e franjas nos membros, culotes e cauda em tufos, em bandeira, na face ventral);

- Pelagem longa (pêlo longo e macio, sem subpêlo, em geral repartida ao longo do dorso, tufos nas orelhas, franjas nos membros e sob a cauda)

Como essa pelagem não é tão resistente as intempéries, cães de pêlo longo são indesejáveis. Se o cão possuir subpêlos pode ser autorizado para criação.

Pêlo Muito Curto:
Pelagens curtas (do tipo toupeira) também são indesejáveis.